Традиционно для приготовления хачапури используют имеретинский сыр, по консистенции напоминающий творог. Если такого нет, то кладут любой другой молодой мягкий рассольный сыр: адыгейский, сулугуни, брынзу, чанах, фету…

Заменить его можно греческим сыром халуми.

Аджарское хачапури (груз. აჭარული, ачарули, аджарули) — в форме лодочки с сыром, маслом и яичным желтком в середине Мегрельское хачапури (мегрули) — похоже на имеретинское, но с добавлением сверху сыра Ачма — многослойная, больше похожа на лазанью без соуса

Грузинский этикет диктует следующий подход. Вот перед вами тарелка с горячим хачапури по-аджарски. Аккуратно, чтобы не обжечься, отламываем один «хвостик» и перемешиваем им сырную начинку с яйцом и подтаявшим сливочным маслом. Затем, отламывая тесто по краям, обмакиваем его в получившуюся массу и отправляем в рот.

Имерули (имеретинские) За начинку «отвечает» один‑единственный вид сыра — имеретинский. После того как тесто раскатано, а начинка уложена, хачапури запекают в духовке или обжаривают на сковороде. По желанию готовый пирог можно смазать сливочным маслом. Имерули хачапури подают горячими и нарезанными на четвертинки.