В 1651 году митрополит Никон, будучи в Москве, убедил царя и Патриарха Иосифа перенести мощи святителей Филиппа,Иова и Гермогена в Московский Успенский Собор. В 1652 году после смерти Патриарха Иосифа из числа 12 кандидатов митрополит Никон, согласно царскому желанию, был избран для поставления в Патриархи.

Вследствие сего, а также интриг со стороны части бояр и духовенства, имевших влияние на царя и враждебно настроенных к патриарху Никону, произошло охлаждение отношений между царём и патриархом. 10 (20) июля 1658 года Никон публично и торжественно отказался от патриаршества.

В 1652 г. на патриарший престол был избран патриарх Никон, пользовавшийся полным доверием молодого царя Алексея Михайловича. Патриарх начал реформы, которые, по его мнению и мнению царя, должны были укрепить российское православие.

На соборе царь выдвинул Никону обвинение в том, что он самовольно покинул патриарший престол, а также в не подобающем патриарху поведении и неуёмной гордыне. Эти обвинения поддержали церковные иерархи. Никон был лишён сана патриарха, осуждён и приговорён к пожизненному монастырскому заключению как простой монах.

22 февраля 1653 года началось судьбоносное преобразование патриархом Никоном церковной жизни русского православия. Опиравшаяся на новогреческие каноны, его реформа привела к расколу Русской православной церкви.